La FCF Mozzanica (Footbal Club Formativo) nasce nel 2004, subentrando come denominazione all'Or Mozzanica, a sua volta nato nel 2002 iscrivendosi al campionato di serie D femminile dopo aver disputato campionati nel CSI per diversi anni.
La Società è nata su invito dell'attuale Presidente Luigi Sarsilli che, con Claudio Salviti, Giovanni Baita e Fabrizio Gerosa, già allenatori della squadra femminile CSI a 7, hanno coinvolto un gruppo di amici nel progetto.
Detto fatto, si è subito lavorato sodo e i primi risultati non si fanno attendere: vittoria del Campionato di serie D già al primo anno e conseguente promozione alla categoria superiore. Il gruppo dirigenziale si è rafforzato e, oltre alla squadra femminile, sono entrati a far parte della FCF Mozzanica anche i settori giovanili maschili e femminili.
Anche l'annata successiva è stata ricca di soddisfazioni per il team Sarsilli: vittoria del Campionato di serie C, Coppa Lombardia e Coppa Italia della squadra femminile, oltre a numerosi piazzamenti d'onore nel settore giovanile.
Nella stagione 2005/2006 la squadra femminile ha finito il Campionato al secondo posto. Secondo posto anche nella stagione 2006/2007 ma, grazie alla fusione con l'Aurora Bergamo, la società è riuscita a ottenere la promozione per l'A2: nasce l'ASD MOZZANICA.
La Primavera ha ottenuto un meritato quarto posto e nello stesso anno è entrata a far parte della società anche la squadra delle 'piccole' giovanissime, che ha disputato un ottimo campionato.
Sia nella stagione 2007/2008 che in quella successiva, le biancoazzurre si sono piazzate al secondo posto del Campionato di A2; ma è nella stagione 2009/2010 che il sogno si realizza: l'ASD MOZZANICA vince infatti il Campionato di Serie A2, raggiungendo meritatamente la promozione in Serie A.
La stagione di esordio in Serie A è stata conclusa con un quarto posto, fino alla miglior prestazione arrivata nella stagione 2014-2015 con il terzo posto alle spalle di AGSM Verona e Brescia. In Coppa Italia ha raggiunto le semifinali per tre edizioni consecutive (2013-2014, 2014-2015 e 2015-2016), senza mai riuscire a raggiungere la finale.
Nel settembre 2017 è stato ufficializzato l'apparentamento con l'Atalanta Bergamasca Calcio e il cambio di denominazione in Atalanta Mozzanica Calcio Femminile Dilettantistico